對同一種疫苗，有的寶寶沒有任何反應，有的則會出現多種不適，甚至危及生命安全。給寶寶打疫苗，一定要謹慎。
對牛奶過敏不能打脊髓灰質炎疫苗。如果喝牛奶後嘔吐、腹瀉、腹痛，應及時化驗以確定是否牛奶過敏。脊髓灰質炎糖丸疫苗中含奶油成分，對牛乳及其製品過敏者應禁服，可換服脊髓灰質炎液體疫苗。另外，美國研究發現，百白破疫苗可導致牛奶過敏患兒發生過敏反應，因此，對牛奶過敏者要謹慎。不過，這種過敏反應十分罕見，不必過於擔心。
雞蛋過敏不能打流感疫苗和麻疹疫苗。有些寶寶吃雞蛋後出現口周紅腫、身上起疹子等症狀，這可能是雞蛋過敏，注射流感和麻疹疫苗需謹慎。因爲這兩種疫苗都是將毒株種到雞胚中培養製成。由於流感、麻疹、風疹、流行性腮腺炎都可經飛沫傳播，建議不能注射疫苗的孩子少去公共場所，避免被傳染。
此外，有哮喘、 溼疹、蕁麻疹及過敏性體質的寶寶打預防針後易發生過敏反應；有癲癇和驚厥史的患兒打預防針，尤其是打乙腦或百白破混合製劑的，易發生暈厥、抽風和休克等；有嚴重佝僂病的孩子不宜用小兒麻痹糖丸疫苗。預防接種期間，若小兒有嘔吐、腹瀉和咳嗽等症狀時，可待好轉後補打。
