孕早期是胎兒大腦發育的快速時期，這時候缺碘會影響到神經細胞的增殖分化、腦蛋白合成障礙，而腦蛋白質含量減少會使細胞體積縮小、腦重量減輕，直接影響到胎寶寶智力發育。
另外，孕早期缺碘，胎兒的甲狀腺激素也會受影響，這會直接干擾中樞神經發育，對大腦產生傷害，有可能影響寶寶智力發育。
孕中後期缺碘孕媽媽娩出的孩子通常無論是頭圍、身高還是體重都難以達標，這類寶寶普遍發育遲鈍，個頭矮小，反應慢，性器官出現異常，聽說能力差。一旦準媽媽身體中的碘含量少於25ug/d時，寶寶就有患上克汀病的風險。
孕晚期中度碘缺乏會造成孕媽咪在妊娠晚期出現甲狀腺機能減退，而在那些嚴重缺碘的孕媽咪中，甲狀腺機能減退的發生率可達1/3。
