手足口是病毒感染，這類病毒感染都有自限性，就是說即使不用抗病毒藥也可以在一段時間後自愈。當然如果患兒長時間高燒，病情嚴重的，醫生會給開抗病毒藥，如小兒發燒至38℃以上，兒童可選擇泰諾林對乙酰氨基酚混懸液進行退燒。對乙酰氨基酚混懸液用於兒童普通感冒或流行性感冒引起的發熱。家長們可以密切注意下，若孩子出現發燒症狀後，及時讓寶寶服用，以緩解病情。
因爲很多患兒都會出現口腔潰瘍的情況，因爲口腔潰瘍繼而影響食慾，也不利於身體的恢復。所以，提前給寶寶準備西瓜霜噴劑還是比較明智的選擇。西瓜霜噴劑具有清熱解毒，消腫止痛的作用，主要用於風熱上攻、肺胃熱盛所致的乳蛾、喉痹、口糜，症見咽喉腫瘤、喉核腫大、口舌生瘡、牙齦腫痛或出血等。是家庭常備藥品。
治療手足口病的中成藥主要以抗病毒藥物爲主，比如板藍根。板藍根顆粒清熱解毒，涼血利咽的功效，用於肺胃熱盛所致的咽喉腫痛、口咽乾燥，急性扁桃體炎見上述證候者。
