實行藥品零差率銷售，明顯減輕了羣衆用藥負擔，但同時基層醫療衛生機構出現了較大收支缺口。同步落實補償機制，建立穩定的補償渠道和補償方式，成爲保證基層醫療衛生機構平穩運行和發展、確保基本藥物制度順利實施的關鍵。
雲南省衛生廳廳長陳覺民在解讀國家相關政策時表示，雲南省將把政府補助資金納入財政預算和基本建設支出計劃，足額安排，儘快建立科學、合理、長效穩定的補償機制。
基層醫療機構資金缺口大
2010年2月和11月，雲南省分兩批在全省97個縣啓動了國家基本藥物制度。基層醫療衛生機構配備使用基本藥物，基本藥物實行省級網上集中採購、統一配送，零差率銷售。實施基本藥物制度後，藥品價格下降，羣衆看病時，用藥負擔明顯減輕。
但與此同時，基層醫療機構的資金缺口卻突顯出來。長期以來，藥品收入佔到基層醫療衛生機構收入的50%以上，甚至更高。實施零差率銷售以來，基層醫療衛生機構收入銳減。對減少的這部分收入，政府制定了用多種方式進行補償的政策。
陳覺民廳長說，政府對實行基本藥物制度的基層醫療衛生機構及其人員給予相應的財政補償，成爲基本藥物制度推行的關鍵。而從目前的情況看，部分基層醫療機構已取消藥品加成，實行基本藥物零差率銷售，而相應的財政補償政策和基層醫療衛生機構綜合改革卻未能同步推進，這在一定程度上影響了基層醫療衛生機構的正常運轉，基層醫療機構在實行藥品零差率後失去了償債能力，負債問題逐漸暴露出來，影響了基本藥物制度的實施，影響了基層醫療衛生機構作用的充分發揮。
基層藥物不夠用 影響醫療服務
基層反映問題最多的是，基本藥物不能滿足基層臨牀用藥需求，特別是一些慢性、老年病、外科、婦科、兒科等常用藥缺乏，影響了醫療業務的開展，在一定程度上影響到基層醫療機構的服務功能和業務收入，導致了基層醫療機構功能的萎縮，醫療機構的發展受到限制。
當然，基層醫務合理使用基本藥物也有一定的差距。一方面，由於缺乏對基本藥物目錄的學習和培訓，基層醫務人員對基本藥物制度的基本藥物目錄、處方集和應用指南不熟悉;另一方面，因基層醫療衛生人員專業技術和業務能力參差不齊，加之長期形成的習慣等原因，部分醫務人員仍不能合理使用基本藥物。
財政預算將足額安排差額資金
建立和健全基層醫療機構補償機制是實施基本藥物制度和基層醫療衛生機構綜合改革的關鍵環節。陳覺民廳長說：“雲南省將把政府補助資金納入財政預算和基本建設支出計劃，足額安排，儘快建立科學合理、長效穩定的補償機制。”
政府的補償將保障基層醫療衛生機構正常運行、保障基層醫療衛生機構可持續發展、保障基本醫務人員合理待遇。
在覈編定崗後，要根據基層醫療衛生機構的功能定位和編制標準，落實政府對基層醫療衛生機構的專項補助經費，即按國家規定覈定的基本建設、設備購置、人員經費和其承擔公共衛生服務的業務經費。對基層醫療衛生機構的經常性收入不足以彌補經常性支出的差額部分，由政府在年度預算中足額安排。
加快人事、分配製度改革
對於基層醫療衛生服務機構，政府也提出了明確的要求：在落實補償政策的同時，堅持“以投入換機制”，“以機制保惠民”。
這就意味着，將穩步推進基層醫療衛生機構的綜合改革。改革涉及到基層醫療衛生機構的人事、分配和考覈激勵機制等。首先要做的是，根據功能定位，儘快完成人員編制標準和核定工作，在覈定編制的基礎上，建立以科學設崗、競聘上崗、以崗定薪、合同管理爲主要內容的人員聘用制度和崗位管理制度。
補助落實後，爲避免出現“吃大鍋飯”的現象，基層醫療衛生機構和基層醫務人員的考覈和激勵機制也將隨之建立。根據管理績效、基本醫療和公共衛生服務的工作數量和質量、服務對象滿意度、居民健康狀況改善情況等指標，對基層醫療衛生機構進行綜合量化考覈，對醫務人員要實行以服務質量與數量爲核心、以崗位責任與績效爲基礎的考覈激勵制度和績效工資制度。
國務院關於建立健全基層醫療衛生機構補償機制的政策措施
國務院常務會議在研究部署建立健全基層醫療衛生機構補償機制的政策措施時確定：
(一)實施基本藥物制度後，政府舉辦的鄉鎮衛生院、城市社區衛生服務機構的運行成本通過政府補助和服務收費補償。基本建設和設備購置等發展建設支出由政府根據規劃足額安排，人員經費由政府合理安排補助。2010年政府按照人均不低於15元的標準落實基本公共衛生服務經費，2011年起進一步提高。醫療服務價格按扣除政府補助後的服務成本制定並逐步調整到位，醫療服務收費增加部分由醫保支付，不增加羣衆負擔。落實政府補助和調整服務收費後基層醫療衛生機構的經常性收支差額，由政府在年度預算中足額安排。
(二)大力推進基層醫療衛生機構綜合改革。基層醫療衛生機構主要提供基本公共衛生服務和基本醫療服務，其診療科目、牀位數量、人員和設備配備等要與功能定位相適應。完善人事分配製度，實行以競聘上崗、合同管理爲主要內容的聘用制度和崗位管理制度。推進基本醫保門診統籌和醫保付費方式改革。建立基層醫療衛生機構考覈激勵機制，堅持多勞多得、優績優酬，保障基層醫務人員合理收入水平不降低。
(三)多渠道加大對鄉村醫生的補助力度。對村衛生室主要通過政府購買服務的方式進行合理補助，安排一定比例的基本公共衛生服務由村衛生室承擔並落實相應經費。將符合條件村衛生室的門診服務納入新農合報銷範圍。鼓勵各地在房屋建設、設備購置以及人員培訓等方面對村衛生室給予一定扶持。
(四)通過政府購買服務等方式對非政府舉辦的基層醫療衛生機構承擔的公共衛生服務給予合理補助，並將符合條件的機構納入醫保定點範圍，執行與政府辦基層醫療衛生機構相同的醫保支付和報銷政策。
