直腸滴入用藥量大，用藥不嚴格，到現在爲止國家也沒有提倡，也沒有一個嚴格的標準可以執行，大家都是在亂用藥物，口服的、靜脈用的，只要是藥物就都灌進去。大多數所謂的經驗方藥量都會超出口服或者靜脈用藥很多倍。
由於直腸黏膜皺褶少，無絨毛，液體容量小，吸收面積較小，藥物吸收比較緩慢，進入血液循環的藥量十分有限。
直腸滴入不是一種安全、無菌的給藥方式，腸道內含有很多細菌，有可能隨着滴入液進入腸道深處，造成污染。
尤其是一些抗生素有可能殺滅腸道內的有益菌羣，造成體內菌羣失調，導致繼發性感染而腹瀉以及短暫的消化不良等。
直腸有其固有的生理環境，長期或多次直腸滴入給藥，會導致直腸黏膜、直腸的酸鹼度，直腸壁的分泌吸收等生理功能和生理環境發生改變，損傷腸道。一些不正規的灌腸也可能對腸倒造成機械損傷。
用灌腸的方法治療寶寶拉肚子，由於直腸吸收迅速，一旦出現藥物過敏的情況，那就非常難處理。
長期的灌腸可以出現脫水以及電解質的紊亂。由於腸道是鹼性環境，可以導致人體鹼丟失過多出現酸中毒。
治療寶寶拉肚子的的方法較多，可以用一些藥物治療，有必要的時候化驗個大便，一般不需要灌腸。
如果必須進行小兒灌腸治療，最好是去正規大醫院，遵醫囑，安全第一。一定不要盲目自己給寶寶灌腸，以防出現副作用。
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