1.飲食因素
飲食可使糞便菌叢發生明顯改變。無纖維食物促進細菌易位。纖維能維持腸黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學。食物纖維能減少細菌易位，但不能使屏障功能恢復至正常。
2.菌叢的變化因素
菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。
3.藥物的代謝因素
任何抗生素都可導致腸道菌叢的改變，氯林可黴素和氨苄青黴素等容易引起菌羣失調，使耐藥的艱難梭菌大量繁殖而致病，導致抗生素相關性腹瀉。
4.年齡因素
隨着年齡的增高，腸道菌羣的平衡可發生改變，雙歧桿菌減少，產氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，後者導致毒素增加使免疫受到抑制。
5.胃腸道免疫功能障礙
胃腸道免疫功能障礙，可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌羣失調，引起慢性腹瀉。新生兒期菌羣失調發生率較高，可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。
1.在發生腹瀉時，會有淡黃綠色的水樣大便。有時候也是蛋花樣的大便。有的還會有腹痛的情況發生，有發生嚴重腹瀉的患者，會有脫水的情況。
2.有的患者會有白色念珠菌性的腸炎。這種腸道菌羣失調的症狀多出現在瘦弱的嬰兒身上。這樣的症狀腹瀉時是水樣的情況，還會有消化不良，如果不及時進行治療就會擴散到泌尿道，呼吸道甚至是腦組織。
3.綠膿桿菌產生感染通常會有綠色的糞便，不會經常出現腹瀉情況，有少數的患者會有噁心，嘔吐，電解質紊亂的現象。嚴重的會有休克現象發生。有的家庭經常會吃放在冰箱中的食物，食物存放過久就會出現變質，就會導致腸道菌羣的失調，就出現腹瀉，嘔吐現象。
