約35%JRA患者關節液細胞中能分離出風疹病毒，有些全身型JRA患者有柯薩基病毒或腺病毒感染的證據。研究者還發現相當多的JRA病兒有微小病毒B19（HPV-B19）感染的線索。
有很多資料證實主要組織相容性複合基因（MHC）特性決定了個體在一定條件下是否發生異常免疫反應及發生何種類型、何種程度的免疫反應，決定了該個體是否發生免疫損傷。
在JRA病程中不同時期可以測出不同的優勢T細胞克隆，最多見的是CD4陽性T細胞，它們可能受到了不同的抗原刺激。T細胞與巨噬細胞被大量激活將產生過多的細胞因子，如白細胞介素（IL-1，6，8），腫瘤壞死因子（TNF），粒-單細胞集落刺激因子（GM-CSF）等，IL-1可誘導滑膜成纖維細胞及關節軟骨細胞合成前列腺素E2及合成蛋白酶，介導關節組織損傷。
當病原微生物（細菌、病毒、支原體等）感染後可刺激易感機體產生變異性IgG，後者又成爲抗原刺激機體產生抗變異性IgG的抗體，類風溼因子（RF）與變異性IgG形成免疫性複合物沉積於關節滑膜或血管壁，激活補體系統，趨動炎性細胞至病變部位。炎症細胞在發揮吞噬作用同時分泌大量溶酶體及細胞因子，引起自身組織尤其是小血管壁和膠原組織的炎性損傷。近年發現人類白細胞抗原（HLA）DR4、DR5、DR6、DR8和B27攜帶者發病率明顯增高。
注意事項
1、本病病因不清，與感染誘發機體異常免疫反應有關。應積極防治各種感染性疾病，注意營養、增強體質和做好預防接種工作等等。
2、注意保持患兒充足的睡眠，合理飲食，飲食宜清淡，忌辛辣刺激性食物。
3、如果母乳餵養，乳母請注意加強營養，多吃瘦肉、雞湯、魚湯以及牛奶等高蛋白的食物，同時多吃點蔬菜、水果類等富含維生素和纖維素的食物。
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