牙列擁擠不齊使牙齒不能自潔，菌斑結石堆積，引起齲病及牙齦牙周的炎症；同時牙齒的錯位、咬合異常也可造成牙周損害；牙列稀疏則容易發生食物嵌塞而傷害牙齦牙周的健康。
各類錯頜畸形，都不同程度地影響容貌外觀，這也是很多患者要求矯治的直接原因。如開脣露齒、雙頜前突、長面或短面畸形等。
在兒童的生長髮育過程中，許多不良習慣所致的牙頜畸形將影響牙頜面軟硬組織的正常發育。如前牙反頜，俗稱“地包天”，就是指下前牙位於上前牙脣側的畸形，會使上頜骨的發育受到限制，而下頜骨由於沒有正常協調關係的制約而過度向前發育，從而形成面中部凹陷和下頜骨過度前突畸形。因此對於影響上下頜骨發育的前牙反頜，要儘早矯治，避免頜骨畸形的進一步加重。
嚴重的錯頜畸形可影響口腔的正常功能，如前牙開頜(即上下前牙無法咬合)造成發音異常，後牙鎖頜影響咀嚼功能，嚴重的下頜前突造成吞嚥異常，下頜嚴重後縮則影響呼吸功能。
影響心理健康
牙齒不齊嚴重影響孩子的成長髮育及心理障礙。資料表明，在錯牙合畸形的青少年當中，發生心理障礙的比例增高。不愛說話，沒有自信。
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