常見既往健康肥胖的嬰兒，突然出現陣發性有規律的哭鬧，持續約10-20分鐘，伴有手足亂動、面色蒼白、拒食、異常痛苦表現，然後有 5-10分鐘或更長時間的暫時安靜，如此反覆發作。此種陣發性哭鬧與腸蠕動間期相一致，由於腸蠕動將套入腸段向前推進，腸繫膜被牽拉，腸套疊鞘部產生強烈收縮而引起的劇烈疼痛，當蠕動波過後，患兒即轉爲安靜。腸套疊晚期合併腸壞死和腹膜炎後，患兒表現萎靡不振，反應低下。一部分體質較弱，或併發腸炎、痢疾等疾病時，哭鬧不明顯，而表現煩躁不安。
初爲奶汁及乳塊或其他食物，以後轉爲膽汁樣物，1-2天后轉爲帶臭味的腸內容物，提示病情嚴重。
在2次哭鬧的間歇期檢查腹部，可在右上腹肝下觸及臘腸樣、稍活動並有輕壓痛的包塊，右下腹一般有空虛感，腫塊可沿結腸移動，嚴重者可在肛門指診時，在直腸內觸到子宮頸樣腫物，即爲套疊頭部。
嬰兒腸套疊發生便者達80%以上。家長往往以血便爲首要症狀就診，多在發病後6-12小時排便，早者在發病後3-4小時即可出現，爲稀薄黏液或膠凍樣果醬色血便，數小時後可重複排出。便血原因是腸套疊時，腸繫膜被嵌入在腸壁間，發生血液循環障礙而引起黏膜出血、水腫與腸黏液混合在一起而形成暗紫色膠凍樣液體。
肛門指診
有重要臨牀價值，有些來診較早患兒，雖無雁排出，但通過肛門指診可發現直腸內有黏液雁，對診斷腸套疊極有價值。
依就診早晚而異，早期除面色蒼白，煩躁不安外，營養狀況良好。晚期患兒可有脫水，電解質紊亂，精神萎靡不振、嗜睡、反應遲鈍。發生腸壞死時，有腹膜炎表現，可出現中毒性休克等症狀。
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