木瓜中含有木瓜蛋白酶，一次性吃多了可導致消化不良。木瓜富含纖維，攝入過多也會導致消化功能紊亂。
木瓜含有大量的水分，佔其水果重量的80%，食用大量的木瓜也就相當於喝大量的水，大量的水分在胃腸道內不能被完全的消化吸收，便會出現腹瀉。
木瓜吃多了會導致中毒，這與木瓜裏含有的物質有很大關係。因爲木瓜中含有番木瓜鹼，這種成分對人體有微毒，少量食用時，達不到對人體構成毒性反應的閾值，但是一次性的大量食用木瓜，番木瓜鹼的量超過了肝臟解毒的上限，便會出現中毒症狀。
木瓜吃多了還會容易引起小便不通，這樣會給身體帶來不適感。《本草綱目》上有明確的記載，木瓜食用過多或長期食用都可引起癃閉，也就是小便不通。現代醫學也表明，這種現象與木瓜中的木瓜酵素的濃度有一定的關係，木瓜酵素能影響雌、雄激素的分泌，從而影響排尿。
