羊水穿刺的疼痛感因人而異，大多數人都只感覺到輕微疼痛，類似於刺手指取血的痛感。
羊水穿刺過程不需要打麻醉，因爲注射麻醉藥的疼痛可能會比羊水穿刺本身還要強烈。多數準媽媽只在剛剛刺入時只會感覺輕微疼痛，類似於刺手指取血的痛感，是可以承受的痛感。且也不必擔心會對胎兒造成傷害，因爲在這個過程中，醫生會在B超監控下小心避開胎兒。
因爲不使用麻藥，準媽媽對羊水穿刺的感覺會有所不同，有些準媽媽對疼痛比較敏感，或者比較緊張，此時可能會感到腹部有點兒緊，或是有刺痛或壓迫感，也有些準媽媽會感覺不到任何不適。
具體步驟：
1、在正式抽取羊水之前，孕婦要先做超音波檢查，確定胎兒大小、懷孕週數、胎兒位置及胎兒數目，找出最適合下針的位置。
2、然後在準媽媽的腹部塗上酒精消毒，並在肚皮上鋪上帶孔的無菌單。
3、用大約15釐米長的長針由此位置刺入腹部，針會依次穿過腹壁和子宮壁，到達羊膜腔。
4、確定穿刺針已在羊膜腔內，取出針心，用2毫升注射器抽吸羊水2毫升，棄去，因爲此段羊水可能含母體細胞，可能引起母源細胞污染。
5、再用20毫升空針抽吸20毫升的羊水，分別裝在2支消毒試管內，加蓋。
6、回抽整支穿刺針，在肚皮的針孔上貼上消毒紗布，壓迫2-3分鐘，然後在醫院靜坐休息2小時，若無不適就可以回家了。
術前：
1、如果孕婦有過敏史，特殊疾病史和其他需要說明的情況，在術前登記時要及時告知醫生。
2、若羊水穿刺前3—7天有感冒、發熱、皮膚感染等異常情況，請在術前登記時告知醫生。
3、做羊水穿刺手術前3天不能過性生活，手術一天前要沐浴清洗，手術前10分鐘將小便排淨。
4、去醫院做手術時，最好是有人陪同，並要提前一小時到達醫院靜候。
5、羊水穿刺手術不需要空腹，因爲羊水上的活細胞、清液等不受飲食的影響。
術後：
1、術後1小時複查B超，術後觀察2小時無不適後，方可乘車回家;外地病人當晚最好能在醫院的旅館附近休息，隔天后再回家，避免術後過於勞累。
2、術後24小時內不能沐浴，注意多休息，避免劇烈運動以及搬運重物等體力勞動。
3、術後半個月禁止同房。
4、術後三天裏如有腹痛、腹脹、陰道流水、流血、發熱等症狀，應速到醫院婦產科就診。
羊水穿刺的排畸效果雖然很好，但卻並不是孕期必做的產檢項目，因爲它存在一定的風險，準媽媽做手術前要考慮清楚。
羊水穿刺的風險：
1、宮內感染。如果手術前準媽媽有被感染的機率或者是在做完羊水穿刺術後沒能及時地做好清潔、衛生的工作，那麼就會有宮內感染的現象出現，而感染很可能引起高熱、子宮收縮和或腹部疼痛等問題。
2、刺傷胎兒。羊水穿刺是利用一根細針穿進準媽媽的羊膜腔內抽取羊水的，在這個過程中很有可能會出現刺傷胎兒的情況。不過不用擔心，一般刺傷也無大礙，會自行癒合。
3、血液傳染。羊水穿刺的另外一個潛在風險是血液傳染，有一定的機率使孕婦和胎兒的血液接觸，當發生接觸時，如果孕婦的的血液爲RH陰性，並且胎兒的血液爲RH陽性時，會出現危險。
4、呼吸窘迫。有少數研究發現，接受過羊水穿刺的胎兒，在出生後較易有呼吸窘迫的問題，發生率爲1.1%，未接受過羊水穿刺的胎兒則爲0.5%。
5、導致破水。羊水穿刺需要用細針穿過腹壁和子宮壁，從而到達羊膜腔，而這個操作很有可能導致破水。
6、出血。羊水穿刺很可能造成準媽媽出血的情況，有的甚至會引發出血性休克，致使術後流產以及危及胎兒等。
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