遺傳是先天性心臟病發生最常見的原因，這是因爲疾病的性質較爲相近，因此兄弟姐妹或者母體任何一方出現心臟病，那麼都極有可能遺傳給胎兒，其危險性高達10%。
孕婦在懷孕初期患有糖尿病，但未經過治療，或者在妊娠早期接觸到某種致畸藥物，則都可能造成胎兒患上先天性心臟病。
孕早期是胎兒各器官形成和發育的關鍵時期，若是此時準媽媽受到流感、庖疹、風疹、麻疹等病毒感染，則會影響到胎兒發育，很有可能導致心臟發育畸形。所以，孕期有病毒感染的準媽媽應在孕中期時做胎兒心臟彩超檢查，看胎兒是否有先天性心臟病。
孕期準媽媽有吸菸的習慣或丈夫經常吸菸，這些都可能造成胎兒畸形或小兒先心病發生。有研究表明，嬰兒先心病發病率，吸菸母親所生嬰兒是不吸菸母親的二倍。
另外，夫妻“酒後同房受孕”，會使胎兒染色體發生異常，生下患酒精中毒症的嬰兒，大多數伴有心臟血管異常。
環境因素指妊娠前和妊娠中孕婦所處的環境，包括居住和工作環境。比如準媽媽長期接觸有害的化學制品，包括苯、二氧化硫等有害氣體和汞、鎘等重金屬，又或者接觸了放射性輻射，都對胎兒有致畸作用，出現包括先天性心臟病在內的各種先天性畸形。
胎兒早產也是患有先天性心臟病的原因之一。
因爲早產兒患室缺和動脈導管未閉者較多，前者與心室間隔在出生前無足夠時間完成發育有關，後者與早產兒的血管收縮反應在出生後還不夠強有關。據說，出生時體重在2500g以下的新生兒尤易患先天性心臟病。
孕婦年紀大也是導致胎兒患先天性心臟的原因之一。
因爲高齡孕婦(35歲以上)孕育的胎兒易患法洛四聯症、唐氏綜合症等染色體疾病，患這些疾病的孩子大多都伴有心臟疾病。
