遺傳因素，父母如果有心臟病，胎兒在胚胎髮育過程中遺傳父母的基因，就容易誘發先天性的心臟病，它佔發病的8%。
如果孕婦在孕期服用藥物，感染病毒、細菌、輻射，都會誘發胎兒的發育異常。所以預防新生兒先天性心臟病，首先要對父母進行遺傳病檢查，控制得病的風險。其次在孕期一定要注意對孕婦的保健。
早產兒患室缺和動脈導管未閉者較多，心室間隔缺損是常見的一種先天性心臟畸形，大多數是單一畸形，約佔先天性心臟病的20％左右，與心室間隔在出生前無足夠時間完成發育有關；動脈導管未閉與早產兒的血管收縮反應在出生後還不夠強有關，一般3個月以後的動脈導管如果沒有閉合，將來再閉合的可能就不大了，大部分可能就需要手術來治療。出生時體重在2500g以下的新生兒尤易患先天性心臟病。
有研究表明，高齡孕婦生出先天性心臟病的患兒機率會比普通人羣高一些，所以高齡孕婦孕期應該積極進行孕檢，密切關注胎兒的健康狀況。
