自然流產的原因可有下面幾種
可能是孕婦不知道自己懷孕，而讓身體過度勞累(例如長途旅行、劇烈運動、熬夜加班)，或是不小心暴露於X線照射下等，導致流產。所以，已有懷孕打算者，不妨讓生活保持規律，並且養成每天量基礎體溫的習慣，儘量早期知道懷孕，避免因自己的疏忽而導致流產。
雖然自己知道懷孕，卻沒有保養身體，或因工作忙碌，沒有休息而導致流產。這種情況應該可以避免，故懷孕初期就應小心。
孕婦原來就患有慢性疾病而未加治療，或是治療後病情仍不穩定的人。例如腎臟病、心臟病、慢性高血壓、甲狀腺疾病、糖尿病及全身性紅斑狼瘡等。若病情沒控制好，對孕婦、胎兒都不好，且容易發生早期流產。
孕婦有感染疾病者，如淋病、梅毒、真菌感染等。要避免出現此情況，在平時應多注意身體健康，有婦科症狀就要趕緊尋求醫生的幫助。
黃體酮缺乏或低下者。可以藉由基礎體溫的測量提供黃體酮有無不足的信息。
生殖器官解剖結構有問題的或有習慣性流產者。如雙角子宮、子宮內膜黏連、子宮肌瘤等，此時，就必須接受專門醫生的診斷治療，以避免下一次流產。若確認流產是與結構異常有關聯，可以考慮在懷孕前先矯正。
胚胎染色體異常，或有重大缺陷不能存活者。這是唯一不能避免及預防的流產原因。通常夫妻之中有染色體異常者，或因男性大於50歲，女性大於35歲的情況時，流產機會較大。但只要夫妻雙方染色體正常，年齡也不大，下一次生下健康寶寶的機會仍然很大。
