自然流產是妊娠20周前胚胎或胎兒某種原因自動脫離母體而排出者。
經典概念認爲，自然流產連續發生3次或3次以上者稱爲“習慣性流產”。有學者提出習慣性流產易使人們誤解爲流產是註定的與不可避免的，故建議將其定義爲複發性早期自然流產。經過許多專家認同後，用“反覆性自然流產”代替“習慣性流產”。因其病因是多方面的，現分述如下。
1．生殖器官解剖因素
1．1子宮畸形：子宮縱隔、單角子宮、雙角子宮、鞍狀子宮等畸形可導致宮頸容積變小，適應擴張能力下降或可因血液循環不良而影響孕卵植入及胚胎髮育。
1． 2宮頸機能不全：子宮發育畸形常合併宮頸機能不全，另外創傷、手術和早孕人流，清宮，多次自然流產均可導致宮頸機能不全，不能有效地承受妊娠後不斷增加的宮頸內壓力和重量使子宮頸緩慢擴張常引起自然流產。
2． 宮頸粘連：無論流產清宮術，產後胎盤或胎膜殘留行清宮術，刮宮等手術操作，均有引起宮頸粘連的可能，部分粘連可使子宮腔變形，或子宮內膜異常，影響胎盤形成及營養紊亂而致流產。
3． 子宮肌瘤：按子宮肌瘤分類，粘膜下肌瘤發生自然流產的機會最高，漿膜下肌瘤一般不引起流產，是否發生流產與肌瘤的部位，大小、數目均有一定的關係；若肌瘤改變宮腔大小或部分宮腔閉塞，則內膜血循環障礙，干擾受精卵的植入與胎盤形成以及胚胎的發育而致流產。
複發性自然流產病因（遺傳與免疫因素）
對流產胚胎作核型分析發現，有染色體異常的發生率大於反覆流產夫婦染色體異常率，而且夫婦自身因素及環境因素均可導致胚胎染色體異常。常見的染色體異常如非整倍體、多倍體、染色體異位、倒位以及性染色體異常等，均可造成胚胎髮育異常而流產。
隨着免疫遺傳學的發展，很多資料顯示免疫異常是自然流產的主要因素之一。
現代醫學證實很多抗原如組織相容性抗原（HLA）、滋養細胞抗原、血型抗原以及抗磷脂抗體、抗精子抗體、抗核抗體、抗甲狀腺抗體、抗胰島素抗體、封閉抗體等均與自然流產關係密切。
女性的全部生殖過程中，如卵子的發生與發育、受精，孕卵的植入，胚胎的發育與分娩等在胎兒與母親之間存在着極其複雜的免疫學問題，當免疫功能異常時則出現自然流產。
1．HLA與自然流產：這是一類存在於細胞表面，並可引起強烈排斥發應的抗原，對母親而言，胚胎是半自己半異己的免疫移植物，因而組織HLA在關係到胚胎存活的免疫反應中具有重要的意義。HLA可分爲A、B、C、D和DR等多種，當發生母體免疫系統排斥胎兒的反應時，則可導致自然流產。
2．血型抗原系統與自然流產：在ABO血型不合夫妻中，約1/5發生流產，其機制是因胎盤屏障上有裂隙或某些缺陷，使胎兒紅細胞有機會經胎盤進入母體，使母親致敏而產生相應抗體，抗體又穿過胎盤干擾胎兒的器官形成和胚胎髮育導致流產，當Rh血型不同時，若丈夫爲Rh+，妻子爲Rh—時，Rh+的胎兒紅細胞可經胎盤進入母體而產生抗體，該抗體自進入胎兒體內使胎兒受損而流產。
