受精卵本身質量不好，自然就會被淘汰，這是生化妊娠最常見的原因。受精卵質量好壞一般直接取決於卵子和精子，而這兩者的好壞跟備孕夫妻平時日常生活習慣有很大的關係，例如：吸菸、酗酒、熬夜、過勞等都會影響其質量。另外，遺傳因素導致受精卵染色體異常也是原因之一。
孕婦卵巢黃體功能不全，會導致黃體酮分泌不足，子宮內膜異常，影響受精卵在子宮內的着牀，從而出現生化妊娠。這種情況可通過黃體中期抽血查黃體功能得知。
女性子宮有問題，比如子宮發育不良、子宮粘膜下肌瘤、子宮內膜息肉、宮腔粘連、子宮內膜結核等都可能影響受精卵着牀，出現生化妊娠。
免疫因素導致生化妊娠分兩種情況，具體如下：
同種免疫：精子、精漿或受精卵是抗原物質，與陰道及子宮內膜接觸後，通過免疫反應產生抗體物質，使精子與卵子不能結合或受精卵不能着牀。
自身免疫：帶有父方異體抗原成分的胚胎對母體來說是一個異物，母體能產生一種保護性抗體，防止胎兒被母體作爲異物排斥。如果母體缺乏保護性抗體，胚胎就會遭到排斥，產生生化或流產。建議驗血檢查免疫抗體、封閉抗體，必要時可行免疫治療。
精神因素
女性朋友急着想懷孕，或者經常被家裏人催着懷孕，出現心理壓力過大，精神過度緊張的現象，也是導致生化妊娠的原因之一。因此，想要懷孕放鬆心情很重要。
1.發生流產後半年以內要避孕，待半年以後再次懷孕，可減少流產的發生。
2.孕前一定要做孕前檢查，特別是激素六項和優生四項(還有白帶常規、肝功、腎功、溶血、染色體)
3.急性傳染病須待痊癒後一段時間方可懷孕。慢性病病人則應治療到病情穩定並經專科醫生認可後才能懷孕。
4.做免疫抗體和封閉抗體檢查，排除因爲免疫因素導致的卵子不能受精或者是受精後不能着牀。
5.做宮腔鏡檢查，查看是否有子宮發育不良、子宮粘膜下肌瘤、子宮內膜息肉、宮腔粘連、子宮內膜結核等影響受精卵着牀的症狀;
6.檢查夫妻雙方的染色體，排除受精卵有缺陷的可能性;
7.注意作息規律，保持良好飲食習慣，情緒穩定，保持心情舒暢;
8.避免接觸有毒物質和放射性物質。
