清潔完奶瓶之後，就要進行消毒了，一般嬰兒奶瓶的消毒方式，可以分爲煮沸法及蒸汽鍋消毒法，其消毒方式及步驟如下。
A.煮沸消毒法
1、準備一個不鏽鋼的煮鍋，裏面裝滿了冷水，水的深度，要能完全覆蓋所有已經清洗過的餵奶用具。(不鏽鋼鍋須消毒奶瓶專用，不可與家中其他烹調食物混用)
2、如果是玻璃的奶瓶可與冷水一起放入鍋中，等水燒開後5～10分鐘再放入奶嘴、瓶蓋等塑膠製品，蓋上鍋蓋再煮3～5分鐘後關火，等到水稍涼後，再用消毒過的奶瓶夾取出奶嘴、瓶蓋，待幹了之後再套回奶瓶上備用。若是塑膠的奶瓶，則要等水燒開之後，再將奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋一起放入鍋中消毒，約再煮3～5分鐘即可，最後以消毒過的奶瓶夾夾起所有的食具，並置於乾淨通風處，倒扣瀝乾。
3、要提醒的是，塑膠製成的食具，都不宜煮久，所以建議在水滾後再放入，煮3～5分鐘即可，否則很容易變質。也可以注意奶瓶上的耐溫標示，如果不耐高溫最好使用蒸汽鍋消毒。
B.蒸氣鍋消毒法
目前市面上有多種功能、品牌的電動蒸汽鍋，家長可以依照自己的需要來選擇。消毒的方式只需要遵照說明書操作，就可以達到消毒餵奶用具的目的。但需注意的是，使用蒸汽鍋消毒前，仍先將所有的奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋等物品徹底清洗乾淨，然後再一起放入，按上開關，待其消毒完畢，會自動切斷電源。
寶寶的奶瓶消毒完成後，應將留在瓶身內的水徹底倒淨，之後倒扣瀝乾，並以消毒過的奶瓶夾，將消毒過的奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋等，夾放置通風、乾淨處放涼備用，並蓋上紗布或蓋子。此外，若於消毒24小時後仍舊沒有使用奶瓶，就需重新進行一次消毒工作，以免細菌滋生。寶寶每次喝完奶後，媽媽可以先用奶瓶刷將奶瓶清洗乾淨，蒐集放置於奶瓶架上晾乾，待累積到一定的數量或消毒鍋可容納的大小，再一起進行消毒工作。所以媽媽一次必須準備很多支奶瓶，才足以應付寶寶一天所需。
