1.寶寶的消化系統發育不成熟。胃酸和消化酶分泌不足，對事物的耐受能力差。嬰幼兒生長髮育速度快，所需要的營養物質比較多，所以消化道的負擔比較重，一不小心就容易發生消化功能的紊亂，最後就會腹瀉了。
2.寶寶的機體防禦功能差。嬰兒血清免疫球蛋白和胃內酸度都比較低，新生兒出生後正常腸道菌羣還沒有建立起來或者因爲使用了廣譜抗生素等等引起腸道菌羣失調，這些都是容易引起腸道感染的。3.沒有母乳餵養的寶寶比母乳餵養的寶寶更加容易拉肚子。因爲人工餵養的寶寶不能通過母乳從媽媽體內獲得到抗腸道感染的作用的成分，加上食物，餐具等容易被污染，腸道感染率明顯高於母乳餵養的寶寶。
當嬰幼兒腸道感染了病毒、細菌、真菌、寄生蟲等，就會引起寶寶的腹瀉。其中嬰幼兒有80%的腹瀉是由病毒感染引起的，最常見的是由輪狀病毒引起的秋冬季腹瀉最爲常見。
小朋友感染了其他疾病也會引起腹瀉的，比如中耳炎、肺炎、上呼吸道感染等，他們是由於發熱或者病原他的毒素作用而使消化功能紊亂，導致的腹瀉。
還有很多其他的因素，比如，餵養不當吃東西過多，積食了。還有對牛乳或者其他食物的過敏而引起的腹瀉。再有就是天氣的變化，如天氣變冷，腹部受涼會引起腹瀉，這個也比較常見吧。
寶寶腹瀉中有一種腹瀉叫做生理性腹瀉，常見於六個月以下的嬰兒，生下來後不久就腹瀉，除了大便次數有點多了以外，沒有其他的不舒服，精神狀況、飲食狀況和生長髮育都是正常的。等到添加輔食以後腹瀉的狀態就會慢慢地好轉了，這個是不需要特殊治療的。
