皰疹性咽峽炎從潛伏期開始就具有傳染性，所以從發現感染皰疹性咽峽炎開始一直到皰疹性咽峽炎恢復都需要採取隔離措施。
一般建議皰疹性咽峽炎隔離1-2周更好。但，每個患兒的體質有所差別，具體隔離時間，還要根據自身病情而定。
皰疹性咽峽炎主要分爲三個階段，潛伏期、前驅期、發病期，一般來說潛伏期不會又任何症狀表現，前驅期時可能出現發熱、厭食、嗓子發紅等症狀；
所以當患兒出現上述症狀時，一定要引起重視，儘早確定是否屬於皰疹性咽峽炎，儘快採取隔離措施。
由於皰疹性咽峽炎是傳染性疾病，以糞-口或呼吸道爲主要傳播途徑，感染性較強，傳播快，呈散發或流行，所以在小兒患上皰疹性咽峽炎時，必須採取隔離的措施，避免交叉感染。
隔離時間：
1、皰疹性咽峽炎一般要隔離2周。
2、由於個人恢復情況的不一，也避免小兒再度復發，建議小兒病情恢復後再隔離3—5天，再去上幼兒園。
皰疹性咽峽炎時採取的隔離措施是指發病時，儘可能使患兒不要去人多密集的場所，更不要去託兒所、幼兒園，儘可能在家休息即可。
