由於藥物流產還是會留下一定的併發症，因此，目前醫學上規定，藥物流產只能在具有一定設備的醫療保健機構中使用，以便在出血多或者時間較長的情況下進行清宮手術，以及抗感染，輸液和輸血治療。
藥物流產的優點是簡便、有效、無創傷。但不足之處在於藥物流產的副作用，即便是最小的副作用也容易引起月經失調，表現爲月經週期縮短或延長，月經量增多。還可能導致胚胎沒有完全排乾淨，如果長期殘餘在子宮裏，會引發宮內感染，損傷子宮內膜，繼而引發輸卵管閉塞，對於未生育的女性來說，如果反覆使用，還有可能導致不孕。藥流失敗或不全的女性，還需做人工流產和清宮手術，這又是一次心理和身體上的創傷。
一般藥物流產後的2-3天，子宮腔內的胚囊即可排出，此時陰道出血較多，會有頭暈、噁心、嘔吐、乏力、腹痛等反應，而子宮中的螺膜組織往往需兩週左右才能慢慢排出，隨後出血停止，才能完全流產，所以規定孕婦在藥流後15天去醫院做複查，必要時做B超與尿妊娠試驗，以確定流產效果，如果在服藥1周內未流產，或10天左右陰道流血明顯增多，以及超過3周至一個月仍然流血不盡者，應該去醫院複查，對流產失敗或者不全的，需做人工流產和清宮手術。
