不同的病情，使用的藥物也是有差別的，對於巧克力囊腫的治療一般是以下幾種藥物：
第一、正在疼痛、痛經的時候，這個時候主要是對症處理痛經就可以，常用的藥物有芬必得、布洛芬，或者是一些中成藥，比如散結鎮痛膠囊、通迪膠囊，或者丹莪婦康煎膏等等，這樣可以緩解痛經的症狀。
第二、激素類的，常用的有口服的短效避孕藥，比如媽富隆、優思明、優思悅。
第三、孕激素類，比方地諾孕素，或者孕激素拮抗劑，比如米非司酮，這個可以通過抑制排卵來緩解痛經的症狀。當然還有一類藥物，比方說丹那唑這些合成的藥物，也可能起到緩解巧克力囊腫痛經的作用。
這些主要是對於輕度的、有生育要求的人，一旦巧克力囊腫發展到比較嚴重，引起盆腔粘連，很嚴重的時候可能就需要進行手術治療。
一般來說巧克力囊腫通過吃藥可能無法達到消除的目的。巧克力囊腫，如果是比較小，是可以吃藥消除的，但吃藥也有一定的適應症，不能長期口服，如果長期口服，有可能對肝腎功能，或者是體內激素水平都受到一定的影響，所以巧克力囊腫吃藥控制後，如果停藥有可能再次出現。
巧克力囊腫的治療，需要根據患者的年齡，生育要求，而綜合考慮，如果是近絕經期的女性，可以給予藥物治療，如果比較大的囊腫還是建議手術切除，如果是未婚女性，比較小的巧克力囊腫是可以吃藥控制的，但是有備孕計劃的女性，如果不影響正常備孕時，可以選擇以備孕爲主，如果備孕一年沒有懷孕的情況下才考慮手術治療。
巧克力囊腫複發率一直是被大家提及，而且被醫生所苦惱的。巧克力囊腫的複發率在20%以上，復發的概率是比較高的，如果巧克力囊腫的患者在做完手術以後沒有給予長期的干預和護理，很大的概率會導致復發。
引起巧克力囊腫疾病的原因是具有活性的子宮內膜細胞種植在了卵巢，做了手術以後也很難把具有活性的子宮內膜全部去除掉，只要卵巢還有功能，就一定會存在復發的可能。做完手術以後一定要做好護理工作，防止出現感染。術後不能太早恢復性生活，而且如果黏連嚴重，臨牀醫生在做完手術後會建議患者給予亮丙瑞林和達菲林等藥物治療3到6個月，月經第一天皮下注射每月一次，來抑制巧克力囊腫的復發。
