有物理方法，化學方法及生物方法，但生物方法利用生物因子去除病原體，作用緩慢，而且滅菌不徹底，一般不用於傳染疫源地消毒，故消毒主要應用物理及化學方法。
(一)物理消毒法
1.機械消毒
一般應用肥皂刷洗，流水衝淨，可消除手上絕大部分甚至全部細菌，使用多層口罩可防止病原體自呼吸道排出或侵入。應用通風裝置過濾器可使手術室、實驗室及隔離病室的空氣，保護無菌狀態。
2.熱力消毒
包括火燒、煮沸、流動蒸氣、高熱蒸氣、乾熱滅菌等。能使病原體蛋白凝固變性，失去正常代謝機能。
(1)火燒
凡經濟價值小的污染物，金屬器械和屍體等均可用此法。簡便經濟、效果穩定。
(2)煮沸
耐煮物品及一般金屬器械均用本法，100℃1～2分鐘即完成消毒，但芽胞則須較長時間。炭疽桿菌芽胞須煮沸30分鐘，破傷風芽胞需3小時，肉毒桿菌芽胞需6小時。金屬器械消毒，加1～2%碳酸鈉或0.5%軟肥皂等鹼性劑，可溶解脂肪，增強殺菌力。棉織物加1%肥皂水15l/kg，有消毒去污之功效。物品煮沸消毒時，不可超過容積3/4，應浸於水面下。注意留空隙，以利對流。
(3)流動蒸氣消毒
相對溼度80～100%，溫度近100℃，利用水蒸氣在物何等表面凝聚，放出熱能，殺滅病原體。並當蒸氣凝聚收縮產生負壓時，促進外層熱蒸氣進入補充，穿至物品深處，加速熱量，促進消毒。
(4)高壓蒸氣滅菌
通常壓力爲98.066kPa，溫度121～126℃，15～20分鐘即能徹底殺滅細菌芽胞，適用於耐熱、潮物品。
(5)乾熱滅菌
乾熱空氣傳導差，熱容量小，穿透力弱，物體受熱較慢。需160～170℃，1～2小時才能滅菌。適用於不能帶水份的玻璃容器，金屬器械等。不同病原體的熱耐受力，以熱死亡時間表達。
3.輻射消毒
有非電離輻射與電離輻射二種。前者有紫外線，紅外線和微波，後者包括丙種射線的高能電子束(陰極射線)。紅外線和微波主要依靠產熱殺菌。
電離輻射設備昂貴，對物品及人體有一定傷害，故使用較少。目前應用最多爲紫外線，可引起細胞成份、特別是核酸、原漿蛋白和酸發生變化，導致微生物死亡。紫外線波長範圍2100～3280A，殺滅微生物的波長爲2000～3000A，以2500～2650A作用最強。對紫外線耐受力以真菌孢子最強，細菌芽胞次之，細菌繁殖體最弱，僅少數例外。紫外線穿透力差，3000A以下者不能透過2mm厚的普通玻璃。空氣中塵埃及相對溼度可降低其殺菌效果。對水的穿透力隨深度和濁度而降低。但因使用方便，對藥品無損傷，故廣泛用於空氣及一般物品表面消毒。照射人體能發生皮膚紅斑，紫外線眼炎和臭氧中毒等。故使用時人應避開或用相應的保護措施。
日光曝曬亦依靠其中的紫外線，但由於大氣層中的散射和吸收使用，僅39%可達地面，故僅適用於耐力低的微生物，且須較長時間曝曬。此外過濾除菌除實驗室應用外，僅換氣的建築中，可採用空氣過濾，故一般消毒工作難以應用。
(二)化學消毒法
根據對病原體蛋白質作用，分爲以下幾類。
1.凝固蛋白消毒劑包括酚類、酸類和醇類。
(1)酚類
主要有酚、來蘇、六氯酚等。具有特殊氣味，殺菌力有限。可使紡織品變色，橡膠類物品變脆，對皮膚有一定的刺激，故除來蘇外應用者較少。酚(石炭酸)(carbolic acid)：無色結晶，有特殊臭味，受潮呈粉紅色，但消毒力不減。爲細胞原漿毒，對細菌繁殖型1：80～1：110溶液，20℃30分鐘可殺死，但不能殺滅芽胞和抵抗力強的病毒。加肥皂可皂化脂肪，溶解蛋白質，促進其滲透，加強消毒效應，但毒性較大，對皮膚有刺激性，具有惡臭，不能用於皮膚消毒。來蘇(煤酚皁液)(lysol)：以47.5%甲酚和鉀皁配成。紅褐色，易溶於水，有去污作用，殺菌力較石炭酚強2～5倍。常用爲2～5%水溶液，可用於噴灑、擦試、浸泡容器及洗手等。細菌繁殖型10～15分鐘可殺滅，對芽胞效果較差。六氯酚(hexochlorophane)：爲雙酚化合物，微溶於水，易溶於醇、酯、醚，加鹼或肥皂可促進溶解，毒性和刺激性較少，但殺菌力較強。主要用於皮膚消毒。以2.5～3%六氯酚肥皂洗手可減少皮膚細菌80～90%，有報告可產生神經損害，故有宜長期使用。
(2)酸類
對細菌繁殖體及芽胞均有殺滅作用。但易損傷物品，故一般不用於居室消毒。5%鹽酸可消毒洗滌食具，水果，加15%食鹽於2.5%溶液可消毒皮毛及皮革，10l/kg加熱30℃浸泡40小時。乳酸常用於空氣消毒，100m3空間用10g乳酸薰蒸30分鐘，即可殺死葡萄球菌及流感病毒。
(3)醇類乙醇(酒精)
75%濃度可迅速殺滅細菌繁殖型，對一般病毒作用較慢，對肝炎病毒作用不肯定，對真菌孢子有一定殺滅作用，對芽胞無作用。用於皮膚消毒和體溫計浸泡消毒。因不能殺滅芽胞，故不能用於手術器械浸泡消毒。異丙醇(isopropylalcohol)對細菌殺滅能力大於乙醇，經肺吸收可導致麻醉，但對皮膚無損害，可代替乙醇應用。
2.溶解蛋白消毒劑
主要爲鹼性藥物，常用有氫氧化鈉、石灰等。
(1)氯氧化鈉
白色結晶，易溶於水，殺菌力強，2～4%溶液能殺滅病毒及細菌繁殖型，10%溶液能殺滅結核桿菌，30%溶液能於10分鐘殺滅芽胞，因腐蝕性強，故極少使用，僅用於消滅炭疽菌芽胞。
(2)石灰
遇水可產生高溫並溶解蛋白質，殺滅病原體。常用10～20%石灰乳消毒排泄物，用量須2倍於排泄物，攪拌後作用4～5小時。20%石灰乳用於消毒炭疽菌污染場所，每4～6小時噴灑一次，連續2～3次。刷牆2次可殺滅結核芽胞桿菌。因性質不穩定，故應用時應新鮮配製。
3.氧化蛋白類消毒劑
包括含氯消毒劑和過氧化物類消毒劑。因消毒力強，故目前在醫療防疫工作中應用最廣。
(1)漂白粉
應用最廣。主要成分爲次氯酸鈣[Ca(OCl)2]，含有效25～30%，性質不穩定，可爲光、熱、潮溼及CO2所分解。故應密閉保存於陰暗乾燥處，時間不超過1年。有效成份次氯酸可滲入細胞內，氧化細胞酶的硫氫基因，破壞胞漿代謝。酸性環境中殺菌力強而迅速，高濃度能殺死芽胞，粉劑中用於糞、痰、膿液等的消毒。每升加乾粉200克，攪拌均勻，放置1～2小葉，尿每升加乾粉5克，放置10分鐘即可。10～20%乳劑除消毒排泄物和分泌物外，可用以噴灑廁所，污染的車輛等。如存放日久，應測實際有效氯含量，校正配製用量。漂白粉精的粉劑和片劑含有效氯可達60～70%，使用時可按比例減量。
(2)氯胺—T
爲有機氯消毒劑，含有效氯24～26%，性較穩定，密閉保持1年，僅喪失有效氯0.1%。微溶於水(12%)，刺激性和腐蝕性較小，作用較次氯酸緩慢。0.2%1小時可殺滅細菌繁殖型，5%2小時可殺滅結核桿菌，殺滅芽胞需10小時以上。各種銨鹽可促進其殺菌作用。1～2.5%溶液對肝炎病毒亦有作用。活性液體須用前1～2小時配製，時間過久，殺菌作用降低。
(3)二氯異氰尿酸鈉
又名優氯淨，爲應用較廣的有機氯消毒劑，含氯60～64.5%。具有高效、廣譜、穩定、溶解度高、毒性低等優點。水溶液可用於噴灑、浸泡、擦沫，亦可用乾粉直接消毒污染物，處理糞便等排泄物，用法同漂白粉。直接噴灑地面，劑量爲10～20g/m2。與多聚甲醛乾粉混合點燃，氣體可用薰蒸消毒，可與92號混凝劑(羥基氯化鋁爲基礎加鐵粉、硫酸、雙氧水等合成)以1：4混合成爲“遇水清”，作飲水消毒用。並可與磺酸鈉配製成各種消毒洗滌液，如滌靜美，優氯淨等。對肝炎病毒有殺滅作用。此外有氯化磷酸三鈉、氯溴二氰尿酸等效用相同。
(4)過氧乙酸
亦名過氧醋酸，爲無色透明液體，易揮發有刺激性酸味，是一種同效速效消毒劑，易溶於水和乙醇等有機溶劑，具有漂白的腐蝕作用，易揮發的刺激性酸味，是一種高效速效消毒劑，易溶於水和乙醇等有機溶劑，具有漂白和腐蝕作用，性不穩定，遇熱、有機物，重金屬離子、強大鹼等易分解。0.01～0.5%，0.5～10分鐘可殺滅細菌繁殖體，1%5分鐘可殺滅芽胞，常用濃度爲0.5～2%，可通過浸泡、噴灑、擦抹等方法進行消毒，在密閉條件下進行氣霧(5%濃度，2.5ml/m2)和燻蒸(0.75～1.0g/m3)消毒。
(5)過氧化氯
3～6%溶液，10分鐘可以消毒。10～25%60分鐘，可以滅菌，用於不耐熱的塑料製品，餐具、服裝等消毒。10%過化氫氣深膠噴霧消毒室內污染表面;180～200ml/m3，30分鐘能殺滅細菌繁殖體;400ml/m3，60分鐘可殺滅芽胞。
(6)過錳本鉀
1～5%濃度浸泡15分鐘，能殺死細菌繁殖體，常用於食具、瓜果消毒。
4.陽離子表面活性劑
主要有季銨鹽類，高濃度凝固蛋白，低濃度抑制細菌代謝。有殺菌濃度，毒性和刺激性小，無漂白及腐蝕作用，無臭、穩定、水溶性好等優點。但殺菌力不強，尤其對芽胞效果不佳，受有機物影響較大，配伍禁忌較多，爲其缺點。國內生產有新潔爾滅，消毒寧(度米蒼)和消毒淨，以消毒寧殺菌力較強，常用濃度0.5～1.0‰，可用於皮膚，金屬器械，餐具等消毒。不宜作排泄物及分泌物消毒用。
5.烷基化消毒劑
(1)福爾馬林
爲34～40%甲醛溶液，有較強大殺菌作用。1～3%溶液可殺死細菌繁殖型，5%溶液90分鐘或殺死芽胞，室內燻蒸消毒一般用20ml/m3加等量水，持續10小時，消除芽胞污染，則需80ml/m324小時，適用於皮毛、人造纖維、絲織品等不耐熱物品。因其穿透力差，刺激性大，故消毒物品應攤開，房屋須密閉。
(2)戊二醛
作用似甲醛。在酸性溶液中較穩定，但殺菌效果差，在鹼性液中能保持2周，但強提高殺菌效果，故通常2%戊醛內加0.3%碳酸氫鈉，校正pH值爲化合物(殺菌效果增強，可保持穩定性18個月。無腐蝕性，有廣譜、速效、高熱、低毒等優點，可廣泛用於殺細菌，芽胞和病毒消毒。不宜用作皮膚、粘膜消毒。
(3)環氧乙烷
低溫時爲無色液體，沸點10.8℃，故常溫下爲氣體滅菌劑。其作用爲通過烷基化，破壞微生物的蛋白質化謝。一般應用是在15℃時0.4～0.7kg/m2，持續12～48小時。溫度升高10℃，殺菌力可增強1倍以上，相對溼度30%滅菌效果最佳。具有活性高，穿透力強，不損傷物品，不留殘毒等優點，可用於紙張、書籍、布、皮毛、塑料，人造纖維、金屬品消毒。因穿透力強，故需在密閉容器中進行消毒。須避開明火以防爆。消毒後通風防止吸入。
6.其他
(1)碘
通過鹵化作用，干擾蛋白質代謝。作用迅速而持久，無毒性，受有機物影響小。常有磺酒、磺伏(磺與表面活性劑爲不定型結合物)。常用於皮膚粘膜消毒，醫療器械應急處理。
(2)洗必泰
爲雙胍類化合物。對細菌有較強的消毒作用。可用於手、皮膚、醫療器械、衣物等消毒，常用濃度爲0.2～1‰。
