小兒秋季腹瀉的原因主要有消化系統不成熟、免疫功能不成熟 、輪狀病毒感染以及秋季晝夜溫差大等。
1、消化系統不成熟
嬰幼兒消化系統發育不成熟，酶的活性較差，但營養需要相對又高，腸道負擔重。如果餵養不當，如過多地加喂澱粉類、脂肪類食物，導致成分改變，或者一次進食過多等，都可引起消化功能的紊亂，導致腹瀉。
2、免疫功能不成熟
嬰幼兒時期的神經系統、內分泌系統、循環系統以及肝、腎功能均未成熟，調節機能較差，免疫功能也不夠成熟，當有病原菌隨受污染的食物進入體內後，易造成腹瀉。
3、輪狀病毒感染
嬰兒秋季腹瀉主要由於輪狀病毒感染所引起（致病微生物可隨污染的食物或水進入寶寶消化道），這種情況多發生於人工餵養兒，餵養時所用的器皿或食物如不經過消毒或消毒不佳，即有感染的可能。病毒也可通過呼吸道或水源感染，這種情況多發生在8-12月，以10-11月份爲最高峯。
4、溫差大
秋季氣溫變化大，忽冷忽熱。氣候變化引起感冒、腹部受涼以及各種感染也可導致腹瀉。
