新生兒破傷風的潛伏期，一般是指從出生到發病的時限。潛伏期短，說明細菌的毒力強，產生的毒素多，故病情重。潛伏期短於6天者，預後多較嚴重;有一組資料表明，潛伏期短於6天者，其病死率爲44.4%(11/25)，而潛伏期長於6天者，病死率僅爲20%( 4/20 )，一般認爲，潛伏期長於10天者，大多數能夠治癒。
抽搐發生的時限是指新生兒開始發病至抽搐的時限。這個時限越短，病情越重，時限在24小時內與長於24小時，其病死率有顯著性差異。
抽搐的頻率及程度是判斷新生兒破傷風嚴重性最主要的指標。抽搐越頻，每次抽搐持續時間越長，新生兒破傷風的病情越嚴重。
嚴重破傷風的新生兒，除頻發抽搐外，往往有呼吸窘迫及發紺反覆出現。產生呼吸窘迫及發紺的原因，大概與以下幾個因素有關：
1、呼吸肌及腹壁肌痙攣;
2、喉肌痙攣;
3、胃內容物反流阻塞呼吸道;
4、喉頭分泌物過多;
5、嚴重抽搐引起腦缺氧;
6、過量的鎮靜劑抑制呼吸中樞;
7、肺部感染。
呼吸窘迫與抽搐互爲因果，在嚴重病例，二者成爲惡性循環，故有此症狀者多屬嚴重病例。
新生兒破傷風有高熱者，除合併感染外，還與嚴重抽搐或反覆窒息有關。故有高熱者，亦屬嚴重病例。
嚴重病例多有併發症存在，最常見的併發症有肺炎、臍炎、臍出血、敗血症、硬腫症及心力衰竭等。'特別是肺部感染，是造成病孩死亡的主要原因，應積極搶救。
雖然新生兒破傷風是一種嚴重疾病，過去的病死率很高，但只要我們掌握它的規律，熟悉治療原則，採用綜合療法，大多數病例還是可以治好的。
新生兒破傷風的危險期大概是起病後10天左右，如能度過此期，則由於本病的自限性，破傷風毒素與神經細胞的結合是暫時的，可以恢復的，因此可望痊癒而不致產生後遺症。
