很多需要補充黃體酮保胎的孕婦是自身胚胎有異常所致。一般來說，這種胚胎該隨着孕酮分泌不足而流產的，但若此時用黃體酮保胎成功，導致這些存在先天缺陷的異常胚胎存活下來，最後生下來的孩子很有可能存在先天性缺陷。
孕早期濫用黃體酮保胎，可導致胎兒生殖器官發育異常，造成女胎男性化，男胎可能出現甚至器官畸形，女性胎兒青春期後出現生殖器官腫瘤的概率大。
孕期過量注射黃體酮可能導致很多男性胎兒出現腎盂擴張，甚至出現腎積水，輸尿管擴張。對胎兒健康構成極大危害。
妊娠末期濫用黃體酮，會導致體內激素水平過高，由於黃體酮有抑制子宮收縮的作用，則會導致過期妊娠的出現。
