緊急避孕藥有大量孕激素，連續吃了兩次的確容易引起體內內分泌紊亂。當出現異常的時候，可能會引起月經提前，甚至月經的推遲，並且可能會引起長時間的異常出血。嚴重的時候，可能會引起月經週期混亂3個月到半年的時間。這種不良反應是屬於藥物的不良反應，並不是每個人都會發生，建議可以觀察。如果存在月經長時間的混亂，建議還是要去醫院抽血化驗內分泌激素，根據情況可以進行月經週期的調理，避免這樣的情況發生。
同時，出現異常出血的時候，要進行婦科彩超的檢查，排除子宮內膜有沒有異常，根據情況可以開消炎和止血的藥物，幫助子宮快速的恢復正常，以免長時間這樣，會引起宮腔內感染的情況發生。
有的人可能同房避孕失敗，然後需要緊急避孕，有的人則是不喜歡其他避孕方式然後吃這個事後藥。一般都是不推薦事後藥來避孕的，首先一個原因就是副作用大。
首先口服緊急避孕藥，往往就是一次性的，服過之後停藥可以出現陰道的撤退性出血、下腹痛等，有些情況下可以出現淋漓不斷的出血，需要到醫院進行進一步的診治。同時口服緊急避孕藥之後，一些人會出現噁心、嘔吐、胸脹、腹痛等症狀，這些往往也需要有一些對症的治療。所以還是主張儘量少用緊急避孕藥，減少副作用的發生。
第一，有些女性在用藥後會出現類早孕反應，如噁心、嘔吐，可以服用維生素B6減輕症狀;
第二，避孕藥會影響葉酸的吸收及維生素B12的缺乏，容易造成貧血，建議不要長期服用;
第三，有的還會出現陰道流血，即撤退性出血，或是月經失調，經血排出異常，久而久之也會造成貧血，需要補充足夠的鐵質。
