所有新生寶寶用的藥均應由醫生開出處方，切不可憑以往給其他人用藥的經驗給新生的小嬰兒用藥。
相對來講，由於新生寶寶每單位體表面積藥物的代謝率要高一些，所以新生寶寶根據年齡不同、體重不同使用的藥物劑量比小兒劑量還要大一些，家長應嚴格按照醫生要求用藥，不可隨意增減藥物劑量。
由於新生寶寶肝臟暫時還沒有處理能力，所以，有些藥物新生寶寶就不能用；尤其是有些藥物還沒有新生寶寶的使用資料，新生寶寶不可隨意使用。
對於年齡大於2周的新生寶寶可以給口服藥，但用藥的方式方法非常重要，藥物無論是片劑還是粉劑，都要用溫開水溶爲液體狀服用。
慎用解熱鎮痛劑
解熱鎮痛劑類藥物可引起新生寶寶青紫症、貧血以及肚臍出血、吐血、便血等，所以一般應避免使用此類藥物，如小兒退熱片、APC片。萬不得已時採用，劑量也不可過大，用藥時間不可過長。
某些抗生素可給新生寶寶帶來不良的後果，必須禁用。如四環素類藥物容易引起黃斑牙，氯黴素可使服藥的新生寶寶發生再生障礙性貧血和粒細胞缺乏症，新黴素可引起新生寶寶高膽紅素血癥和耳聾。
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