4-6個月左右，寶寶的腸道開始接觸母乳以外的刺激物，大量的輔助食物會使得原有的腸道環境改變，引起功能紊亂，腸套疊就很容易找上寶寶。
迴腸和盲腸疊套現象會在多數寶寶身上出現。相較於成人的回盲腸直徑比例(1:2.5)，新生兒僅爲爲1:1.43，且腸瓣肥厚，遊動性極強，可導致迴腸嵌入盲腸達1釐米之多。腸道很容易因爲炎症或者食物刺激出現腫脹等情況，從而引起腸瓣移動，牽拉腸管，導致套疊的出現。
病毒會導致腸道機能失調，一旦受到如內腺病毒、輪狀病毒等侵襲，腸疊套出現的機率極高。
痙攣是寶寶腸道常見的現象，此時原本按照節律蠕動的腸道會失靈，可出現過快或逆蠕，很容易引起疊套。
神經失調
部分孩子出現腸疊套可能是由於控制腸道的神經失調引起的，這些孩子的交感神經系統發育過程中極有可能存在故障。
一些寶寶的腸套疊，有可能來自家族的因素，父母或者近親親屬曾患病，那麼寶寶患上這種疾病的可能性較大。
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