這個損傷包括宮頸、宮體、子宮內膜的損傷。做人流時，器械要經宮頸進入宮腔內操作。進行吸刮或鉗刮術時，子宮內膜的基底層易受損傷，創面可發生粘連。如果修補不及時，可能導致繼發不孕或反覆自然流產。
做人流時，器械要經陰道進入宮腔內操作，如果患者有炎症，很容易引發子宮內膜炎、輸卵管炎、盆腔炎等，感染可能造成不孕。
突然終止妊娠會導致女性內分泌紊亂，進而出現月經不調、閉經、不排卵等症狀，造成不孕。
因爲正常的分娩是按一定規律進行的，機體對此有充足的適應和準備時間，而人爲中斷懷孕，機體因內分泌功能突然下降，沒有緩慢的適應過程，會造成隱性傷害。
據統計，人工流產後近1%伴發感染，感染將帶來子宮內膜和輸卵管炎症，而子宮內膜及輸卵管炎症是造成異位妊娠的重要原因。
有些人工流產手術由於損傷了子宮內膜肌層，造成再次妊娠時胎盤血液循環障礙，引起胎盤功能不全，以致胎兒缺氧，生長過緩，早產死胎和新生兒死亡率增高。
人流手術對女性的心理會造成很大的陰影，會給生活帶來很多負擔。很多有過人流經歷的女性朋友都有心靈創傷，她們後悔，無助，絕望，焦慮，甚至出現離婚，婚外戀等現象，而心理障礙有時候比身體的傷害更大。
