有調查發現，剖腹產出生的男寶寶普遍比女寶寶免疫力差，爲此也有產科專家對此研究並得出如下結論：女性本身X染色體在數量上要比男性多1個，而該染色體中有免疫球蛋白合成的基因，因此剖腹產出生的女寶寶要比男寶寶健康，更有免疫力。但是，自然分娩的寶寶免疫力卻不會有明顯差別。在免疫力和抗感染力方面，剖腹產寶寶都處於劣勢，繼而導致男寶和女寶的體質差異明顯。
所謂統合失調症，就是孩子想的和做的不是一回事，他的思維往往無法約束自己的行爲，而剖腹產確實是導致孩子統和能力失調的一個原因。胎兒在母體的一舉一動和其未來的命運息息相關，胎兒在母體產道的正常生產過程，同時也是第一次大腦和身體相互協調的撫觸機會，而剖腹產就剝奪了孩子最先感覺統合鍛鍊的權利。
其實這些寶寶一般智商測試都可在平均水平之上，但由於一般檢查很難發現患有統合失調症，因此很難及時對他們進行恢復治療，由此造成孩子們身體反應嚴重異常，知覺機能和注意力障礙，進一步影響孩子自覺能力和自尊心。
據專家分析，剖腹產因產道的改變，使孩子降臨人世時的“環境”變化，正常產道生產過程帶來的神經接觸等感覺破壞，從而使孩子在成長過程中易得多動等神經精神疾病。專家提醒人們不要盲目選擇剖腹產，同時還要正確對待多動症孩子，抓緊治療，理解“環習慣”，多動症狀—般能改變。
國外專家曾言明：雖然不能確切知道剖腹產的孩子比自然分娩的寶寶更容易患上哮喘的原因，但是極有可能是因爲前者免疫功能以及肺部發育等方面發育不健全。當然，也有可能是因爲缺少荷爾蒙分泌。
近年來，患上“溼肺症”的新生兒正逐漸增加。研究表明，在患有該症的新生兒中，超過70%都是經剖腹產出生。倘若病情嚴重，孩子很可能會死亡。一方面，如果新媽媽剖腹產，那麼就沒有經過陣痛;另一方面，如果寶寶屬於早產，寶寶肺部就沒有辦法吸收到充足供養的肺內胎水。兩者交互影響，就導致剖腹產的嬰兒患上嚴重溼肺症的概率比較大。建議準媽媽爲了寶寶的健康，應以自然分娩爲優先，而不盲目跟風剖腹產。
如果是剖腹產的話，會用到抑制中樞系統的藥物，比如麻醉藥，鎮痛劑等等，藥物會藉助胎盤侵入胎寶寶，而這些藥物對胎兒是不利的。麻醉藥等藥品會經2種不同的途徑對腹中孩子帶來不利：一種是以影響母體循環系統，來擾亂母體與胎兒的氣體交換;另一種是直接影響胎兒的氧氣供應等系統。
