一旦發現畸胎瘤建議手術治療，手術方式應根據患者年齡、生育要求來選擇。
對於年輕、有生育要求的患者，通常需要進行畸胎瘤剝除手術，保留卵巢;
而對於年齡較大，如60歲以上的絕經後女性，以及卵巢功能減退的女性，建議切除患側卵巢，或選擇保留卵巢手術。
臨牀上，常見陰式手術及傳統開腹手術進行畸胎瘤剝除，另外，也可應用單孔腹腔鏡下卵巢畸胎瘤剝除術。由此提示女性應當定期進行婦科查體，做到疾病早發現、早治療。
畸胎瘤是一種多發的卵巢腫瘤，一般是良性腫瘤，對於畸胎瘤手術，現在多數醫院都採用腹腔鏡進行手術，可以採用單孔，也可以採用多孔腹腔鏡。這種手術的基本過程，一般先在肚臍眼位置做一個鏡頭伸進去看，看到瘤子後，用手術操作器械把瘤子給剝下來。
舉個比較生動的例子，畸胎瘤就像肚子里長的一個橘子，做手術把這個橘子皮剝開，然後把裏面的橘子肉取出來，橘子肉就是長的瘤子，把橘子肉取出來後，再把橘子縫合好，手術就完成了。但是有一個非常重要的步驟，就是做畸胎瘤的時候，一定要把腫瘤儘量完整的剝出來，如果不能夠完整剝出來，容易導致術後復發。有少數患者的畸胎瘤有可能是未成熟畸胎瘤，也就是惡性畸胎瘤，如果腫瘤破碎後，容易導致腫瘤分期提高，預後不好。對於畸胎瘤來說，最重要的是把腫瘤完整剝出來，然後裝在標本袋裏取出。
畸胎瘤分爲良性畸胎瘤和惡性畸胎瘤，如果是良性的，那手術一般只是小手術，創口小，風險小，恢復快。
如果懷疑畸胎瘤有惡性的可能，儘管不是什麼大手術，但也需要做冰凍切片，如果冰凍切片確診爲惡性畸胎瘤，手術將擴大。比如要切除腸繫膜淋巴結，並且清除盆腔內的淋巴結。因爲惡性畸胎瘤，可以通過血液傳播以及淋巴傳播，所以這種情況所做的手術就是大手術。
另外建議在畸胎瘤手術之前抽血化驗，婦科腫瘤三項，主要了解是否有惡性的成分。
