精囊炎急性發作期，可根據致病病菌選擇合適的消炎抗菌類抗生素藥物治療，待炎症消退後應繼續服用消炎藥物2周，預防轉變爲慢性精囊炎，慢性精囊炎則需繼續用藥4周以上，以鞏固療效。
常用的消炎藥有：阿莫西林、頭孢克肟、頭孢丙烯、頭孢地尼、左氧氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等。
精囊炎出現血精的患者，且血精顏色較紅時，可適當選用止血敏、止血芳酸等藥物止血，有助於身體更快痊癒。
還有些患者需使用可減輕精囊腺充血水腫的藥物幫助治療，如乙烯雌酚，5-α還原酶抑制劑等。
若是精囊炎患者的病情較爲嚴重，比如有膿腫、結石或其他合併症狀者，則需要手術治療。
