主要有感染對象的區別，亞型的區別和流行範圍的區別，甲型流感感染對象可以是人，也可以是動物，如豬或其他家禽，乙型流感感染對象是人，甲型流感容易造成大範圍流行，乙型流感範圍通常較小。
不同點
甲型流感傳染率會更快，影響量會更大一些；乙型流感也有傳染面，但沒那麼明顯。它會在近距離(比如說班級)，最近有的就出現班級集體放假的現象。
相同點
一般這兩種病它的發燒程度都很高，都會超過39甚至40度，而且同時伴隨着肌肉痠痛，有的小孩眼睛疼、肚子疼、嘔吐、腹瀉、有的還會出現咽乾咽痛，還有一部分孩子出現小腿肚子疼(能出現小腿肚子疼，都是乙型流感)。
1、甲型H1N1流感的潛伏期較流感、禽流感潛伏期長，潛伏期時長1~7天，多爲1~3天。部分患者病情可迅速發展，來勢兇猛、突然高熱、體溫超過38℃，通常表現爲流感樣症狀，包括髮熱、咽痛、流涕、鼻塞、咳嗽、咳痰、頭痛、全身痠痛、乏力。部分病例出現嘔吐、腹瀉。少數病例僅有輕微的上呼吸道症狀，無發熱。體徵主要包括咽部充血和扁桃體腫大。
2、乙型流感臨牀表現：起病急驟，畏寒、發熱，體溫在數小時至24小時內升達高峯，39~40℃甚至更高。伴頭痛，全身痠痛，乏力，食慾減退。呼吸道症狀較輕，咽乾喉痛，乾咳，可有腹瀉。顏面潮紅，眼結膜外眥充血，咽部充血，軟齶上有濾泡。
1、甲型流感治療：一般治療是休息，多飲水，密切觀察病情變化；對高熱病例可給予退熱治療。抗病毒治療，甲型H1N1流感病毒目前對神經氨酸酶抑制劑奧司他韋、扎那米韋敏感，對金剛烷胺和金剛乙胺耐藥。
2、乙型流感：一般對症治療，臥牀休息，多飲水，給予流質或流質飲食，適宜營養，補充維生素，進食後以溫開水或溫鹽水漱口，保持口鼻清潔，全身症狀明顯時予抗感染治療，早期應用抗病毒治療。
