病理性黃疸常見的原因是新生兒溶血病、新生兒感染、膽道畸形和新生兒肝炎等。其他疾病有：小兒球形紅細胞升高症、小兒圍產期疾病等。病理性黃疸嚴重時，很可能發展爲對新生兒神經系統產生損傷甚至可以致死的“核黃疸”。
某些原因（先天性代謝酶和紅細胞遺傳性缺陷）以及理化、生物及免疫因素所致的體內紅細胞破壞過多，發生貧血、溶血，使血內膽紅素原料過剩，均可造成肝前性黃疸。如自身免疫性溶血性貧血、遺傳性球形紅細胞增多症、不穩定血紅蛋白病等。
由於結石和肝、膽、胰腫瘤以及其他炎症，致使膽道梗阻，膽汁不能排入小腸，就可造成肝後性黃疸。常見疾病包括：化膿性膽管炎、膽總管結石、胰頭癌、胰腺炎、膽管或膽囊癌。
吉爾伯特（Gilbert）病及Dubin-Johnson二氏綜合徵引起的黃疸和新生黴素引起的黃疸，都是肝細胞內膽紅素結合障礙、膽紅素代謝功能缺陷所造成的。
其他原因：嚴重心臟病
患者心力衰竭時，肝臟長期淤血腫大，可以發生黃疸。
有些藥物，如氯丙嗪、吲哚美辛（消炎痛）、苯巴比妥類、磺胺類、對氨水楊酸、卡巴胂等，可至中毒性肝炎。此時胃腸道症狀不明顯，黃疸出現之前無發熱，血清轉氨酶升高很明顯，但絮濁反應正常等可資鑑別。
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