造成胎兒畸形的原因中，環境因素是一項日益重要的因素，目前的生活環境裏導致胎兒畸形的物質，比起三、四十年以前增加了許多，醫學上把這些對發育中的胎兒有影響，或有副作用的因子，稱爲“畸胎原”，這些畸胎原包括藥物、感染、化學物品及放射線物質等。
胎兒在發育過程中，受到畸胎原的影響，會產生細胞分裂，組織器官的改變導到畸形，甚至死亡，而這種傷害對胎兒來說，是極爲嚴重而且是不可逆轉的，畸胎原造成畸形的嚴重度是取決於下列3個要素，胎兒的懷孕週數、畸胎原劑量的多少、胎兒的體質，即基因遺傳形態。
一般而言，懷孕的前三個月，是細胞分化及器官形成的重要時期，畸胎原此時最容易造成胎兒異常，但是在整個懷孕過程中，胎兒都可能會受到畸胎原的影響，胎兒暴露於畸胎原的劑量越高，對於胎兒的畸形傷害也越大。另外同樣的畸胎原對不同的胎兒會有不同的病變，而造成這種差異的原因，主要是胎兒的遺傳形態所決定。
胎兒畸形的發生，原因是多方面的，除了遺傳、近親婚配、性生活等有關因素外，近年來，科學家們通過調查研究，又發現了許多鮮爲人知的因素，也可致胎兒爲畸形。
睡電熱毯 電熱毯通電以後，產生電磁場。在電磁場的干擾下，胎兒細胞的正常分裂會突然異變，骨細胞對磁場尤爲敏感。因此，孕婦長期使用電熱毯可能會生下骨畸形的嬰兒。電熱毯溫度越高，磁場對胎兒的影響越大。 熱水浴 研究顯示，讓正常未孕的育齡婦女在39℃的水中浸泡15分鐘或41℃的水中浸泡10分鐘，她們陰道內壁的溫度可達39℃。懷孕婦女在42℃的水中浸泡15分鐘，就會對胎兒的中摳神經系統產生極大危害。
兒科專家調查了懷孕期每日在熱浴中維持40一60分鐘的婦女，結果，畸胎髮生率明顯增高。另據報道，長時期外水淋浴時身體有害。因爲淋浴時的熱水被噴射分解成無數顆細小微粒，產生大量水蒸汽，使水中的有害化學物質加劇揮發。如，能使50%的氯甲烷和80%的氯乙烯變成蒸汽，以至被人體過多吸收而毒害身體。毫無疑問，孕婦若長時間熱水淋浴，不僅有害自身，而且會給胎兒帶來嚴重不良後果。 負性情緒
情緒對生殖細胞和胎兒的影響受到越來越廣泛的關注。德國心理學家曾對柏林55家醫院的新生兒作了回顧性調查，發現在1927一1933年希特勒上臺前7年間，新生幾畸形發生率僅佔1.25%，希特勒上臺後7年間上升到2.38%;戰敗以後，畸胎率則高達6.5%。另有資料報道，發育異常兒中有24%與孕婦負性情緒有關，表明孕婦情緒不良能造成高畸胎率。
營養偏差 孕婦過量食肉、魚、巧克力。甜食等，可使體液酸化，血中兒茶酚胺水平增高，出現煩躁不安。突發脾氣，易傷感等消極情緒，進而使體內激素分泌失調，容易使胎兒發生脣裂，齶裂和其它器官發育畸形等。 補鈣過多 不少孕婦唯恐胎兒缺鈣，不加選擇地過多攝取鈣片和維生素D。殊不知此舉會導致新生兒患高鈣上血癥，表現爲囟門過早關閉、齶骨變寬而突出、主動脈縮窄等畸形，嚴重者還智力低下。
故補鈣量並非多多益善。 體內缺鎂 孕婦反覆嘔吐、長期腹瀉或鎂攝取量不足，均可造成體內缺鎂。胎兒死亡率及先天畸形發生率增加，故應多食含鎂豐富的食物，如芝麻、大豆、海帶、玉米、菠菜、黃花菜、黑棗、香蕉等。 缺乏微量元素 現已證明，孕婦可使胚胎髮育減慢，各組織器官分化紊亂導致畸形，其中尤以中樞神經系統畸多見，故孕婦每日飲食供鋅量應維持在25毫克左古。含鋅較豐富的食物有魚，瘦肉。動物肝腎、花生、蛋、奶製品、芝麻、大豆、核桃、糙米、粗麪粉等。孕婦缺銅可使生下的嬰兒有大腦萎縮，骨骼變形。
心血管異常等先天缺陷，故應多吃些動物肝、豬肉、大豆、芝麻、蝦。糙米等含銅豐富的食物。胚胎10一18周是神經系統發育的發育時期，此時缺碘可致甲狀腺激素合成不足，會造成神經系統發育缺陷。 藥物缺陷 目前已知約有2%到3%的先天性畸形是由藥物所引起的，容易引起畸形的藥物包括男性荷爾蒙、酒精、某些抗生素(如四環黴素)、抗凝血劑、抗癌藥物、鎮定劑等，但是不是所有的上述藥物，均會造成胎兒畸形，而只是機率高低的程度。 這些藥物影響所造成的畸形不盡相同，但常發生在腦部、心臟血管、顏面和泌尿生殖系統。
先天性的胎內感染，也是造成畸形的另一個主因，如德國麻疹、梅毒等。德國麻疹的胎內感染率及致畸形率在前三個月極高，常導致白內障、心臟病及聽覺異常，在胎內感染中，最常見的是濾過性病毒(如此上二者)，但目前尚未發現有濾過性病毒引起的流行性感冒，導致先天性胎兒畸形的病例。
另外化學物質的污染，例如鉛、汞等，均是常見的畸胎原，易導致胎兒生長遲滯，神經系統及智力上的障礙。這種污染常見於工業廢水污染河川，但這種化學物品的中毒，均是長時間累積而造成的，孕婦大可不必過分擔憂。 放射線的暴露，也是孕婦擔憂的另一種畸胎原，其致畸形的效應常視放射線的劑量而定。一般的胸部X光照射，並不足以引起胎兒畸形，但累積的劑量越多，或照射的部位越靠近子宮的話，畸形的危險性越高。 咖啡或茶所含的咖啡因及電腦顯示器的輻射量，是否會造成畸形，目前均尚未被證實。
