孕期胎兒最容易畸形的時間是孕12周內，也就是孕早期時。
孕早期是胚胎正快速發育的階段，同時也是極爲脆弱的時期，這時候的胚胎主要受到刺激，就會影響到細胞分化和發育，從而導致胎兒畸形。如齶裂、四肢不全、盲、聾、啞等先天發育缺陷基本上都是在這一時期內形成的。
1、藥物
孕期尤其是孕早期時，準媽媽服用藥物是很容易導致胎兒畸形的，據瞭解，臨牀約有2%到3%的先天性畸形是由藥物引起。
常見的致畸藥物有：某些抗生素(如四環黴素)、抗凝血劑、抗癌藥物、鎮定劑等。另外激素類藥物也會影響胎兒發育。
2、病毒感染
孕早期的媽媽感染了某些病毒，比如風疹、麻疹、梅毒等，也容易導致胎兒先天性畸形，因此有這樣問題的孕媽媽一般會建議流產。
3、輻射
現如今電子產品在生活中是隨處可見，雖然便利了生活，但同時也會產生輻射，尤其是X射線，不管是孕前還是孕期都極易導致胎兒發育畸形。
4、營養偏差
現如今營養不良的孕婦少了，但卻容易出現因飲食攝入不均衡導致營養不均的情況，孕期偏愛某一種食物，比如過量食肉、魚、巧克力、甜食等，可使體液酸化，血中兒茶酚胺水平增高，這樣就會間接影響到激素分泌失調，從而增加胎兒發生脣裂、齶裂和其它器官畸形的機率。
孕早期胎兒畸形形成期，孕媽媽是沒有什麼反應的，一般都是通過孕期檢查才被發現。常見的排畸檢查有nt檢查、唐篩、羊水穿刺、四維彩超大排畸等。
不過有些畸形嚴重的，可能會出現陰道流血、腹痛等先兆流產症狀。
