早期結核性附睾炎可以用藥物進行治療，常用的藥物有異煙肼、利福平、吡嗪酰胺、鏈黴素、乙胺丁醇等，可以酌情選擇3～4種藥物聯合應用。
一般療程爲6～9個月，治療期間一定要定期檢查肝功能、腎功能，進行視力、視野的檢查，以防止藥物副作用的發生。
早期附睾結核藥物治療即可治癒。如果沒治癒，出現局部幹癆樣壞死嚴重，累及睾丸，病變較大並有膿腫形成或藥物治療效果不明顯，則可行附睾切除。
附睾局部硬節抗結核治療無效，或在治療的過程當中結節逐漸增大，可以手術治療，附睾切除術前2周應用抗結核的藥物，術後繼續應用抗結核的藥物達6個月左右。
若附睾有病變，病變靠近睾丸，則可連同附睾將睾丸部分切除。不過一般建議儘量保留睾丸。附睾切除後，精囊和前列腺結核多能逐漸癒合。
這類病者治療期間要注意多休息，避免勞累。其次飲食要清淡營養，少吃辛辣刺激、高脂肪、高膽固醇的食物。
