新生兒衣原體感染主要通過產道時獲得，剖宮產時感染也有報道。新生兒的感染大多來源於分娩時所經產道，其母生殖道衣原體檢測往往陽性。
孕期有慢性子宮內膜炎或有羊膜早破時，可發生上行感染。
1、感染性：
衣原體(原始小體)侵入人體後，首先附着宿主上皮細胞表面的外膜受體，通過細胞的吞飲作用進入細胞，進入細胞後原始小體體積增大成網狀小體，依靠宿主細胞的營養物質，以二分裂的方式進行增殖成新的原始小體，並形成含有衆多原始小體的包涵體(inclusion)，最終包涵體膜脹破，釋出原始小體再擴散感染鄰近的上皮細胞。
2、破壞宿主：
衣原體寄生於宿主細胞可直接抑制宿主細胞的代謝，溶解寄生細胞，釋放溶酶及各種代謝產物，激發機體的免疫反應造成損傷。由於機體對衣原體的特異性免疫力弱，持續時間短，故衣原體易發生反覆持續感染。
1、一旦確診爲新生兒沙眼衣原體結膜炎，爸爸媽媽就要重視了，這是一種病程較長的疾病。醫生一般採用局部用藥(點眼藥水或抹眼藥膏)和全身用藥結合的方法治療，爲的是縮短病程，減少併發症，避免轉爲重症和慢性結膜炎。
2、新生兒衣原體感染的患兒需要繼續母乳餵養，因爲母乳中含有很多免疫因子，可增強免疫力，同時正確添加輔食，加強營養和護理。患兒的飲食對本病無有效輔助治療效果，所以正常飲食即可。
3、新生兒眼炎早期經適當的治療，一般不會發生併發症。
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