妊娠期婦女一般在妊娠後3個月，甲胎蛋白就明顯升高，到7-8月孕婦母血中甲胎蛋白量達到最高峯並相對穩定，但其仍然低400ng/ml，約在產後3周後逐漸恢復正常水平。
孕期通過甲胎蛋白的多少還可判斷胎兒是否存在發育缺陷，比如神經管缺陷、脊柱裂、無腦等。
甲胎蛋白是胎兒血漿蛋白的重要組成部分，所以，新生兒身體裏面的甲胎蛋白暫時會比較高。但其也不是一直偏高，而是在出生後不斷下降，出生12-18個月時，達到正常水平。
患有酒精性肝炎、肝硬化、急性病毒性肝炎、慢性活動性肝炎、腸炎及遺傳性酪氨酸血癥等疾病的朋友，血清中的甲胎蛋白含量也會偏高，此時可呈中低水平的增高，或者反覆性升高，檢測結果多小於400ng/ml。
正常情況下，人體裏面的甲胎蛋白含量可以忽略不計。但若是檢查發現甲胎蛋白量很高，則要懷疑是否患上了肝癌疾病。
血清甲胎蛋白含量大於400ng/ml時，可輔助診斷原發性肝癌，其陽性率可達到60%-80%。
有研究數據顯示，近一半得了生殖細胞腫瘤疾病的患者朋友他們體內的甲胎蛋白也會比較高。常見的瘤有內胚竇瘤、畸胎瘤及非精原細胞瘤。
血清甲胎蛋白結合人絨毛膜促性腺激素(HCG)可用於鑑別診斷精原細胞瘤和非精原細胞瘤。
