陰囊根部是精索，男性睾丸根部疼痛有可能是精索炎，這類患者格檢查時可以觸摸到精索增粗，精索在睾丸的底部進入睾丸後供其血供，並且疼痛時多伴有小腹部或者腹股溝區的放射性疼痛。外觀上可以看到陰囊皮膚髮紅，伴有局部的腫脹感等，需要進行精索的B超檢查，並進行血常規檢查來進一步的確診。
附睾炎患者會現附睾頭腫脹，患者自覺睾丸根部疼痛，用手觸摸時可以摸到增粗的附睾，伴有明顯的疼痛感，行附睾的B超檢查可以進一步鑑別。
除了附睾炎外，前列腺炎、睾丸炎也都可能導致陰囊根部疼痛。
男性有輸尿管下段結石或者尿道的結石，也可能出現睾丸根部放射性的疼痛，這種情況同時還伴有尿頻、尿急、排尿異常，需要進行泌尿系統的B超或者尿道鏡檢查，來鑑別是否存在有結石。
