睾丸囊腫是良性的，當它體積較小時，對男性無害，只要定期隨訪觀察睾丸增長速度即可。
囊腫體積增大，甚至壓迫到了陰囊，患者就可能出現陰囊下垂、脹痛的現象，對日常工作和生活有一定影響。另外，睾丸疾病久治不愈造成精損腎虧、元氣耗損、肢體嚴寒、腰痠背疼、提早衰老等不適。
若睾丸囊腫的同時還伴有炎症感染，可能誘發精索靜脈曲張、靜索炎、前列腺炎，內分泌疾病、腎炎等腎臟疾病，嚴重的甚至會導致死精、無精，影響男性生育能力。
