食管擴張術是一種有效的治療方法，近年用的氣囊擴張替代了硬性擴張條。適用於膜狀蹼較薄者的治療。
若膜狀蹼厚而堅韌，擴張無效，可切開食管，切除環形黏膜，再將食管黏膜對攏吻合。亦有在內鏡下成功切除先天性食管蹼的報道。必要時術後繼續擴張。
對繼發於氣管、支氣管組織殘存物的先天性食管狹窄和纖維肌肉肥厚型狹窄可行食管部分切除。狹窄段<3cm者，可於狹窄部分切除後，給予食管端端吻合，術中注意保護迷走神經與會咽神經。對於長段纖維肌肉肥厚引起的先天性食管狹窄，經擴張術無效可作代食管手術。如狹窄靠近胃食管連結部，可推薦作節段性切除後食管吻合術，並加作抗反流手術。後者常用的有改良Hill胃壁固定術、Nissen胃底摺疊術等預防反流。Collis胃成形術也曾被報道是一種有效的處理食管縮短和術後胃食管反流的手術。
治療注意事項
1、應多吃軟食、流食，少吃油炸、堅硬的食物。飲食多元化：平時不挑食，從不同的食物中補充身體所需的營養。
2、先天性食管狹窄，經食管擴張治療，大部分可獲得滿意的效果。手術治療的長期效果也是滿意的。
3、術後鼓勵患者多飲水，使支架擴張到最佳狀態。儘管狹窄處被支架撐開，但內徑有限，一般都在14mm大小。因此囑患者一週內以流食爲主，以後可酌情進行半流食或軟食，並將食物仔細咀嚼，少許慢慢嚥下，切勿“狼吞虎嚥”式進食，以免引起阻塞。
4、由於目前支架無“活瓣”作用，置放後很容易造成胃內容物的反流，引起嚴重的反流性食管炎，繼之發生食管潰瘍併發出血及吸入性肺炎，因此，囑患者在進食前要保持相當時間的直立體位(30min左右)，睡眠時牀頭擡高15°～30°，以防反流。
5、食管狹窄擴張術的術後護理不當極易引起食管穿孔，這是非常嚴重的。護理時應注意患者飲食，還有心理調節。儘量讓患者食用一些軟的食物，清淡的食物。
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