四妙丸的副作用不明顯。
目前來說，四妙丸的副作用還未明確。四妙丸是中成藥，一般來說，中成藥的副作用會比較小，所以在使用過程中不必太擔心四妙丸會給治療過程帶來副作用。但是，大家必須合理用藥，使用四妙丸要注意最好按照療程使用，一般慢性疾病或比較長時間用藥的疾病就要按療程用藥，就是把一個疾病分段治療觀察，一個療程治療後根據情況調整藥物。
1. 忌食酒、肥甘之品。由於四妙丸的藥性和功效，飲酒或食肥甘之品會導致腸胃虛弱之人上吐下瀉。
2. 陰虛者禁用，胃寒者、胃弱少食者慎用。
3. 孕婦由於身體體質特殊，關鍵是對腹中新生命的影響巨大，所以孕婦忌服。
4. 正值經期的婦女慎用，由於方中薏苡仁藥性偏寒涼，正值經期的婦女服用會導致經血流失嚴重。
5、兒童、年老體弱者應在醫師指導下服用。
6、本品應在醫生指導下使用，服藥期間，堅持規律服藥，避免復治、難治病例發生。
