加味香連丸具有清熱祛溼，化滯止痛之功效。用於大腸溼熱所致的痢疾，症見大便膿血、腹痛下墜、裡急後重。
方中黃連，清熱燥溼，止瀉痢，為君藥。
黃芩、黃柏加強黃連清熱燥溼之功，共為臣藥。
白芍、當歸和血止痛;延胡索理氣止痛;厚朴、枳殼、檳榔、木香行氣和中，行滯止痛;吳茱萸溫中燥溼止瀉，也制苦寒之品，為佐藥。
甘草健脾和中，調和藥性，為使藥。諸藥合用，共奏清熱祛溼，化滯止痛之功。
