治療衣原體感染有很多抗生素可以，但是不知道哪個藥對患者效果最好。如果男性在正規醫院化驗出來支原體感染，建議先做藥敏試驗，然後根據結果選擇敏感的抗生素使用，療效最顯著。臨牀經驗上，一般治療支原體感染比較好的藥物有阿奇黴素、紅黴素、氧氟沙星等藥物。
男性支原體感染可以導致尿頻、尿急、尿痛、尿道有稀薄分泌物等症狀，是泌尿系統感染典型的症狀。治療期間要多喝水、多排尿，保證每天的飲水量在1500-2000ml左右，可以加速尿液中病原體的排出。
飲食上多補充維生素，多吃新鮮的蔬菜、水果，避免吃辛辣、刺激性食物，戒菸、戒酒。避免久坐，注意勞逸結合，適當的休息。另外要保持外陰部位的清潔乾燥，避免潮溼，要勤換洗內褲，洗過的內褲放在太陽下暴曬殺菌。
一般支原體感染需要1-2周左右才能治好，但是根據每個人的體質、抵抗力以及病情不同，治療效果和恢復時間也有所不同。目前支原體是比較嚴重的感染，發現後一定要及時去醫院就診，避免錯過最佳的治療時間，導致病情加重。如果時間拖久了，會發展爲下行呼吸道感染，在治療方面會變的更加麻煩，必要時需要做綜合性的檢查。在經過1-2周治療之後，要到醫院進行復診，檢查支原體抗體和抗原。
可以肯定的是不經過治療，男性支原體感染不會自愈。
支原體是一種機會致病微生物，存在於日常的環境中，接觸少量的支原體或者機體抵抗力正常的時候可能不會發病，但是當身體抵抗力下降的時候或者短時間內接觸較多的支原體，纔有機會被支原體感染，導致尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等等疾病。支原體如果在身體抵抗力強的情況下，有可能會自愈。
當然還有一部分人可能會處於帶菌狀態，也就是雖然不發病，但是它的分泌物，例如前列腺液、精液或者尿道的分泌物中，可能會含有致病的支原體，自己不發病但是有可能會傳染別人。
因此，得了支原體感染可以進行化驗檢測並且有針對性地進行治療，否則遷延不愈的話不僅影響自己，對配偶也是隱患。
